研发费用加计扣除案例 | 不想退的必须退；想少缴的不能少
每年企业所得税汇算清缴结束后，税务风险评估系统总会就企业所得税汇算清缴的申报情况提出风险评估疑点，主管税务机关就疑点会责成企业对疑点进行处理，以下是研发费用加计扣除风险评估的两个真实案例。
第一个案例，不想退税的必须退，不退不行。
A企业属于服务业高新技术企业，也符合科技型中小企业认定要求，2023年5月汇算清缴纳税申报时尚未取得的科技型中小企业入库编号。
企业汇算清缴申报时与企业相关的研发项目加计扣除政策如下：
科技型中小企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，自2022年1月1日起，再按照实际发生额的100%在税前加计扣除；形成无形资产的，自2022年1月1日起，按照无形资产成本的200%在税前摊销。
企业（非制造业）开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，在2018年1月1日至2023年12月31日期间，再按照实际发生额的75%在税前加计扣除；形成无形资产的，在上述期间按照无形资产成本的175%在税前摊销；适用研发费用税前加计扣除比例75%的企业，在2022年10月1日至2022年12月31日期间，税前加计扣除比例提高至100%，四季度研发费用可由企业自行选择按实际发生数计算，或者按全年实际发生的研发费用乘以2022年10月1日后的经营月份数占其2022年度实际经营月份数的比例计算。
企业2022年汇算清缴申报时，按上述一般企业（非制造业）的加计扣除政策申报了加计扣除，即2022年1-3季度按研发费用实际发生额的75%计算申报了加计扣除额，4季度按实际发生额的100%计算申报了加计扣除额。
汇算清缴结束后，2023年6月企业取得科技型中小企业入库登记编号（编号第11位为0）。
2023年7月收到主管税务机关的发送的风险疑点：企业属于科技型中小企业，2022年可享受研发费用实际发生额的100%在税前加计扣除政策，需要重新申报退税。
企业收到退税通知后，由于正在准备申报重新认定高新技术企业期间，为了减少申报资料的重新整理和重新报送，明确答复，不拟退税。
税务机关答复：按科技部、国家税务总局规定，省级科技管理部门6月30日前应完成5月31日前提交自评信息（补正自评信息的按补正提交日期）的科技型中小企业入库公告，保障符合条件的企业及时入库并享受优惠政策。你企业属于5月31日前提交认定信息6月30日前审认定入库企业，2022年度可享受科技型中小企业研发费用100%加计扣除政策，属于必须保障享受优惠范围，必须重新申报必须办理退税。
第二个案例，想少缴税不能少，不缴不行。
B企业属于制造业企业，2021年度享受了研发活动中实际发生的研发费用在按规定据实扣除的基础上，再按照实际发生额的100%在税前加计扣除的政策。2022年度经营转型主要销售项目为剩余旧产品和相关原材料的销售，同时有新产品研发项目进行并有少量销售。
企业汇算清缴申报时与制造业相关的研发项目加计扣除政策如下（以下政策2023年起废止失效）：
制造业企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，自2021年1月1日起，再按照实际发生额的100%在税前加计扣除；形成无形资产的，自2021年1月1日起，按照无形资产成本的200%在税前摊销；所称制造业企业，是指以制造业业务为主营业务，享受优惠当年主营业务收入占收入总额的比例达到50%以上的企业。
企业2022年汇算清缴申报时，按上述制造业的加计扣除政策申报了加计扣除，即2022年按研发费用实际发生额的100%计算申报了加计扣除额。
2023年7月收到主管税务机关的发送的风险疑点：企业2022年度不属于制造业企业认定范围，不可享受研发费用实际发生额的100%在税前加计扣除政策，需要补缴税款。
企业提出属于制造业企业2022年度可享受制造业加计扣除政策的意见。
税务机关答复：按照《国民经济行业分类》（GB/T 4574-2017）规定，制造是指经物理变化或化学变化后成为新的产品，不论是动力机械制造或手工制作，也不论产品是批发销售或零售；该些新产品的销售才属于制造业业务。企业2022年度企业所得税申报表，营业收入—其他业务收入（销售材料收入）不属于制造业业务范围，2022年度营业收入—主营业务收入（销售商品收入）占收入总额的比例未达到50%以上，不可享受制造业加计扣除政策；只能享受一般企业的计扣除政策：即2022年1-3季度研发费用可按75%计算申报加计扣除额，4季度按实际发生额的100%计算申报加计扣除额，需要按该规定重新申报补缴税款。
后记：2023年起，政策趋于统一。
除集成电路企业和工业母机企业研发费用在2027年前可按实际发生额的120%加计扣除外，其他所有企业研发费用均可按实际发生额的100%加计扣除。